Menggunakan Aplikasi Bioinformatika
secara mobile dengan telepon selular
Bioinformatika adalah ilmu yang berkembang sejalan dengan perkembangan teknologi di era informasi. Dengan meningkatnya mobilitas para peneliti Bioinformatika, maka diperlukan teknologi mobile untuk mereka. Bagaimana teknologi mobile tersebut bisa memenuhi kebutuhan riset Bioinformatika? Mari kita simak.
Perkembangan teknologi smart phone
Berbeda dengan dua dekade yang lalu, Hand phone (HP) semakin hari sudah semakin cerdas. HP yang memiliki ‘kecerdasan’, disebut sebagai smart phone (SP). Vendor SP utama, seperti Nokia, Samsung, Sony-Ericksson dan Apple, telah merilis gadget yang memiliki fitur konektivitas dan multimedia prima. Pada beberapa SP, konektivitas Wifi, Bluetooth dan 3G sudah menjadi standar. Sementara, Graphical User Interface (GUI) pada SP sudah semakin mudah digunakan. Setelah Apple merilis iPhone, dengan GUI berbasis MacOSX mini (iPhone OS), maka Google akhirnya merilis sistim operasi SP Android, yang berbasis Linux. Huwaei telah menyatakan komitmennya untuk memproduksi SP berbasis Android pada tahun ini, namun HTC telah memproduksinya terlebih dahulu. Sementara, Nokia akhirnya mengumumkan bahwa SymbianOS yang mereka gunakan akan menjadi open source based OS, seperti Android. OpenSource based OS, yang didukung secara penuh oleh Linux Foundation, menjadi mantera yang ‘sexy’ akhir-akhir ini di dunia informatika.
Microsoft pun tidak mau kalah, dengan merilis Windows Mobile 6.5, yang adalah versi terbaru. Bersamaan dengan perkembangan tersebut, Wireless Application Protocol (WAP) sebagai standar global untuk presentasi dan pengiriman informasi secara wireless masih digunakan. WAP tetap disediakan oleh mayoritas vendor HP, paling tidak pada sebagian model yang mereka miliki. Dengan perkembangan teknologi yang membangun HP, dimungkinkan untuk mengakses internet dimana saja, tanpa keberadaan SP, laptop, PC desktop atau komputer besar lainnya. Hal ini sangat penting untuk menjalankan aplikasi Bioinformatika secara mobile pada mayoritas telepon seluler yang ada di pasaran. Namun, keberadaan SP telah membuka jalan untuk menjalankan aplikasi bioinformatika hardcore, seperti yang akan dijelaskan dibawah.
Layanan BioWAP: Bioinformatika pada genggaman gadget
Dengan perkembangan teknologi gadget yang begitu pesat, maka dimungkinkan untuk menjalankan aplikasi Bioinformatika dengan menggunakan HP. Para peneliti dari Universitas Turku, Finlandia, telah mengembangkan teknologi untuk mengunduh data genome dan proteome dari GenBank dengan menggunakan HP. Layanan Bioinformatika tersebut diberinama BioWAP. Latar belakang pengembangan layanan tersebut adalah kebutuhan untuk mengakses database genome dan proteome diluar institut riset. Peneliti-peneliti yang terlibat adalah Mauno Vihinen, Tapio Salakosk, Jorma Boberg, dan Pentti Riikonen. BioWAP menyediakan akses kepada semua database utama Bioinformatika dan program analisis yang terkait. BioWAP adalah bagian dari layanan suite mBIOINFO untuk bioinformatika.
BioWAP memfasilitasi pencarian informasi dari semua database sekuens nukleotida dan protein, dan juga mempelajari informasi struktur dan data mutasi yang terkait dengan imunodefisiensi. Dengan BioWAP, adalah mungkin untuk mencari properti umum dari sekuens, pola sekuens, dan situs pengenalan enzim restriksi. Pairwisesequence alignment menggunakan algoritma Needleman-Wunsch, yang sudah umum pada aplikasi Bioinformatika. Namun multiple sequence aligment belum bisa dilakukan. Motif Prosite dapat diidentifikasi dari sekuens protein. Informasi mutasi spesifik dapat dicari pada databes mutasi imunodefisiensi. Informasi struktur makromolekul (Protein) dapat dipelajari dari PDB pada komponen, referensi, resolusi, dan lokasi dari elemen struktur sekunder. Nomenklaturenzyme commission juga disediakan. Penelitian ini telah dipublikasi pada Oxford Journal of Bioinformatics dan IEEEtransaction of Biomedical Engineering.
Menggunakan BioWAP
Sistim BioWAP diimplementasikan dengan Wireless Markup Languange (WML), namun program pada server ditulis dengan PERL. BioWAP dapat diakses dengan semua terminal berbasis WAP. Layanan ini bersifat gratis. Alamat akses melalui HP, ada di http://bioinf.uta.fi/wml/welcome.wml.
Walaupun layanan ini dijalankan di Finlandia, supaya tidak menggunakan jasa hubungan jarak jauh, maka dapat menggunakan gateway lokal. Informasi mengenai hal ini bisa dengan menghubungi jasa mobilephone network yang anda gunakan. Pengembang BioWAP menyediakan dua gateway gratis, jika gateway lokal tidak dapat digunakan. Instruksi untuk mensetting gateway untuk gadget WAP dapat ditemukan pada http://bioinf.uta.fi/biowap/gateway.html.
Informasi gateway tersebut digunakan untuk HP berbasis WAP pertama, yaitu Nokia 7110. Namun, konfigurasi tersebut telah sukses digunakan pada beberapa HP model nokia yang lain, Ericksson, Palm, dan Siemens. Biasanya dimungkinkan untuk mengatur beberapa gateway alternatif untuk terminal WAP. BioWAP didesain supaya mudah digunakan. Namun user interfacedari terminal WAP dapat mengalami kekurangan memori, yang dapat menghalangi download dari beberapa halaman. Instruksi detail untuk menggunakan fitur BioWAP ada di http://bioinf.uta.fi/biowap/index.html. Jika ingin menonton animasi flash mengenai BioWAP, tersedia di http://bioinf.uta.fi/courses/WappaW/.
Masa depan BioWAP dan perkembangan teknologi smart phone
Pada masa sekarang, proyek genome dan proyek lain yang serupa telah menghasilkan informasi biologis dalam jumlah banyak, yang harus diorganisir, disimpan, dan dianalisis. Mayoritas analisis bioinformatika umum dapat dilakukan pada internet. Namun hardware akses internet tradisional tidak selalu dimungkinkan, dimana akses pada telepon seluler selalu mungkin. PC desktop atau komputer besar belum tentu tersedia, dan laptop memerlukan tenaga untuk membawanya. Diperlukan platform yang lebih praktis untuk Bioinformatika mobile. BioWAP adalah sistim pertama yang diketahui dapat mengakses semua database pusat biologis dan juga tools analisis dasar, jika komunikasi wirelesstersedia. Akses mobile pada database biologis dapat sangat berguna pada ilmuwan lapangan dan militer, pada situasi darurat dan dalam konteks manajemen krisis.
Dengan semakin berkembangnya teknologi gadget dan konektivitasnya seperti yang telah dijelaskan diawal artikel, maka kedepannya akan sangat dimungkinkan aplikasi bioinformatika mobile seperti BioWAP dikembangkan menjadi aplikasi bioinformatika hard core, yang berfungsi mendekati kemampuan rekan mereka di PC atau Mac. Dengan semakin powerfulnya hardware untuk gadget, dan semakin mudah digunakannya GUI mereka, maka akan dimungkinkan menjalankan aplikasi bioinformatika untuk protein modeling, protein-protein interaction, ataupun jugaprotein-ligand docking. Web browser standar yang digunakan SP, seperti Opera Mobile, Internet Explorer dan Safari, dapat digunakan untuk mengakses database genome dan proteome secara langsung. Jika demikian, maka akan semakin banyak peneliti dari Universitas, ataupun dari pihak industri, yang akan semakin berminat untuk memasuki bidang yang sedang sangat naik daun ini
SUMBER :
Bioinformatika adalah ilmu yang berkembang sejalan dengan perkembangan teknologi di era informasi. Dengan meningkatnya mobilitas para peneliti Bioinformatika, maka diperlukan teknologi mobile untuk mereka. Bagaimana teknologi mobile tersebut bisa memenuhi kebutuhan riset Bioinformatika? Mari kita simak.
Perkembangan teknologi smart phone
Berbeda dengan dua dekade yang lalu, Hand phone (HP) semakin hari sudah semakin cerdas. HP yang memiliki ‘kecerdasan’, disebut sebagai smart phone (SP). Vendor SP utama, seperti Nokia, Samsung, Sony-Ericksson dan Apple, telah merilis gadget yang memiliki fitur konektivitas dan multimedia prima. Pada beberapa SP, konektivitas Wifi, Bluetooth dan 3G sudah menjadi standar. Sementara, Graphical User Interface (GUI) pada SP sudah semakin mudah digunakan. Setelah Apple merilis iPhone, dengan GUI berbasis MacOSX mini (iPhone OS), maka Google akhirnya merilis sistim operasi SP Android, yang berbasis Linux. Huwaei telah menyatakan komitmennya untuk memproduksi SP berbasis Android pada tahun ini, namun HTC telah memproduksinya terlebih dahulu. Sementara, Nokia akhirnya mengumumkan bahwa SymbianOS yang mereka gunakan akan menjadi open source based OS, seperti Android. OpenSource based OS, yang didukung secara penuh oleh Linux Foundation, menjadi mantera yang ‘sexy’ akhir-akhir ini di dunia informatika.
Microsoft pun tidak mau kalah, dengan merilis Windows Mobile 6.5, yang adalah versi terbaru. Bersamaan dengan perkembangan tersebut, Wireless Application Protocol (WAP) sebagai standar global untuk presentasi dan pengiriman informasi secara wireless masih digunakan. WAP tetap disediakan oleh mayoritas vendor HP, paling tidak pada sebagian model yang mereka miliki. Dengan perkembangan teknologi yang membangun HP, dimungkinkan untuk mengakses internet dimana saja, tanpa keberadaan SP, laptop, PC desktop atau komputer besar lainnya. Hal ini sangat penting untuk menjalankan aplikasi Bioinformatika secara mobile pada mayoritas telepon seluler yang ada di pasaran. Namun, keberadaan SP telah membuka jalan untuk menjalankan aplikasi bioinformatika hardcore, seperti yang akan dijelaskan dibawah.
Layanan BioWAP: Bioinformatika pada genggaman gadget
Dengan perkembangan teknologi gadget yang begitu pesat, maka dimungkinkan untuk menjalankan aplikasi Bioinformatika dengan menggunakan HP. Para peneliti dari Universitas Turku, Finlandia, telah mengembangkan teknologi untuk mengunduh data genome dan proteome dari GenBank dengan menggunakan HP. Layanan Bioinformatika tersebut diberinama BioWAP. Latar belakang pengembangan layanan tersebut adalah kebutuhan untuk mengakses database genome dan proteome diluar institut riset. Peneliti-peneliti yang terlibat adalah Mauno Vihinen, Tapio Salakosk, Jorma Boberg, dan Pentti Riikonen. BioWAP menyediakan akses kepada semua database utama Bioinformatika dan program analisis yang terkait. BioWAP adalah bagian dari layanan suite mBIOINFO untuk bioinformatika.
BioWAP memfasilitasi pencarian informasi dari semua database sekuens nukleotida dan protein, dan juga mempelajari informasi struktur dan data mutasi yang terkait dengan imunodefisiensi. Dengan BioWAP, adalah mungkin untuk mencari properti umum dari sekuens, pola sekuens, dan situs pengenalan enzim restriksi. Pairwisesequence alignment menggunakan algoritma Needleman-Wunsch, yang sudah umum pada aplikasi Bioinformatika. Namun multiple sequence aligment belum bisa dilakukan. Motif Prosite dapat diidentifikasi dari sekuens protein. Informasi mutasi spesifik dapat dicari pada databes mutasi imunodefisiensi. Informasi struktur makromolekul (Protein) dapat dipelajari dari PDB pada komponen, referensi, resolusi, dan lokasi dari elemen struktur sekunder. Nomenklaturenzyme commission juga disediakan. Penelitian ini telah dipublikasi pada Oxford Journal of Bioinformatics dan IEEEtransaction of Biomedical Engineering.
Menggunakan BioWAP
Sistim BioWAP diimplementasikan dengan Wireless Markup Languange (WML), namun program pada server ditulis dengan PERL. BioWAP dapat diakses dengan semua terminal berbasis WAP. Layanan ini bersifat gratis. Alamat akses melalui HP, ada di http://bioinf.uta.fi/wml/welcome.wml.
Walaupun layanan ini dijalankan di Finlandia, supaya tidak menggunakan jasa hubungan jarak jauh, maka dapat menggunakan gateway lokal. Informasi mengenai hal ini bisa dengan menghubungi jasa mobilephone network yang anda gunakan. Pengembang BioWAP menyediakan dua gateway gratis, jika gateway lokal tidak dapat digunakan. Instruksi untuk mensetting gateway untuk gadget WAP dapat ditemukan pada http://bioinf.uta.fi/biowap/gateway.html.
Informasi gateway tersebut digunakan untuk HP berbasis WAP pertama, yaitu Nokia 7110. Namun, konfigurasi tersebut telah sukses digunakan pada beberapa HP model nokia yang lain, Ericksson, Palm, dan Siemens. Biasanya dimungkinkan untuk mengatur beberapa gateway alternatif untuk terminal WAP. BioWAP didesain supaya mudah digunakan. Namun user interfacedari terminal WAP dapat mengalami kekurangan memori, yang dapat menghalangi download dari beberapa halaman. Instruksi detail untuk menggunakan fitur BioWAP ada di http://bioinf.uta.fi/biowap/index.html. Jika ingin menonton animasi flash mengenai BioWAP, tersedia di http://bioinf.uta.fi/courses/WappaW/.
Masa depan BioWAP dan perkembangan teknologi smart phone
Pada masa sekarang, proyek genome dan proyek lain yang serupa telah menghasilkan informasi biologis dalam jumlah banyak, yang harus diorganisir, disimpan, dan dianalisis. Mayoritas analisis bioinformatika umum dapat dilakukan pada internet. Namun hardware akses internet tradisional tidak selalu dimungkinkan, dimana akses pada telepon seluler selalu mungkin. PC desktop atau komputer besar belum tentu tersedia, dan laptop memerlukan tenaga untuk membawanya. Diperlukan platform yang lebih praktis untuk Bioinformatika mobile. BioWAP adalah sistim pertama yang diketahui dapat mengakses semua database pusat biologis dan juga tools analisis dasar, jika komunikasi wirelesstersedia. Akses mobile pada database biologis dapat sangat berguna pada ilmuwan lapangan dan militer, pada situasi darurat dan dalam konteks manajemen krisis.
Dengan semakin berkembangnya teknologi gadget dan konektivitasnya seperti yang telah dijelaskan diawal artikel, maka kedepannya akan sangat dimungkinkan aplikasi bioinformatika mobile seperti BioWAP dikembangkan menjadi aplikasi bioinformatika hard core, yang berfungsi mendekati kemampuan rekan mereka di PC atau Mac. Dengan semakin powerfulnya hardware untuk gadget, dan semakin mudah digunakannya GUI mereka, maka akan dimungkinkan menjalankan aplikasi bioinformatika untuk protein modeling, protein-protein interaction, ataupun jugaprotein-ligand docking. Web browser standar yang digunakan SP, seperti Opera Mobile, Internet Explorer dan Safari, dapat digunakan untuk mengakses database genome dan proteome secara langsung. Jika demikian, maka akan semakin banyak peneliti dari Universitas, ataupun dari pihak industri, yang akan semakin berminat untuk memasuki bidang yang sedang sangat naik daun ini
SUMBER :
Tidak ada komentar:
Posting Komentar